Πέρα απ' την απερίγραπτη μαγεία της Απειράνθου, το χωριό έχει πέντε μοναδικά και σημαντικά μουσεία που αξίζει να επισκεφθείτε στον δικό σας χρόνο αφού έρθετε. Το Αρχαιολογικό Μουσείο, Το Γεωλογικό Μουσείο, Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας, Το Μουσείο Εικαστικών Τεχνών και Το Λαογραφικό Μουσείο της Απειράνθου. Παρακάτω μπορείτε να διαβάσετε μια σύντομη περιγραφή για το καθένα.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο ιδρύθηκε το 1963 από αρχαιολογικά ευρήματα που είχε βρει στην περιοχή του χωριού ο Απεραθίτης καθηγητής Μαθηματικών Μιχάλης Μπαρδάνης. Η αρχαιολογική αυτή συλλογή η οποία εμπλουτίστηκε στη συνέχεια είναι αρκετά αξιόλογη καθώς περιέχει και ευρήματα προιστορικής και πρωτοιστορικής περιόδου.
Το Γεωλογικό Μουσείο επανιδρύεται το 1987 από τον Μανώλη Γλέζο. Σήμερα είναι το δεύτερο μεγαλύτερο στην Ελλάδα—ένα από τα πιο σημαντικά μουσεία του. Είναι σημαντικό που σ΄ένα μικρό χωριο των Κυκλάδων στο Γεωλογικό Μουσείο του υπάρχουν πετρώματα όχι μόνο απ’ τον ελλαδικό αλλά και τον παγκόσμιο χώρο.
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας δημιουργήθηκε το 1997 με τη συδρομή δύο Απεραθιτών του Μανώλη Μπαρδάνη και του Μανώλη Πολυκρέτη οι οποιοι δώρισαν τις προσωπικές τους συλλογές και σήμερα απαριθμεί πανω από 2.000 εκθέματα. Το Μουσείο διαθέτει πολύ αξιόλογες συλλογές δειγμάτων από την πανίδα και τη χλωρίδα της περιοχής.
Το Μουσείο Εικαστικών Τεχνών ήταν ένα όραμα ετών του Μανώλη Γλέζου και του Νίκου Κατσουρού, το οποίο πραγματοποιήθηκε το 2008. Διαθέτει μια υπέροχη συλλογή από πίνακες ζωγραφικής, γλυπτά, χαλκογραφίες και άλλα έργα τέχνης κυρίως από καλλιτέχνες που ζουν ή προέρχονται από την Απείρανθο, αλλά και από όλη την Ελλάδα.
Το Λαογραφικό Μουσείο της Απειράνθου ιδρύθηκε το 1987 με πρωτοβουλία του Μανώλη Γλέζου και πάλι. Εμπλουτίστηκε με τη συνδρομή των Απεραθιτών από αντικείμενα κυρίως της προπολεμικής καθημερινότητας. Μεταξύ άλλων θα δείτε σύνεργα για το όργωμα, τη σπορά και το θέρισμα. Επίσης έπιπλα, οικιακά σκεύη, μουσικά όργανα, υφαντά και άλλα παραδοσιακά αντικείμενα.